Nelle collezioni del museo, disseminate secondo criteri cronologici in diversi punti del percorso espositivo, vi sono alcune opere che provengono da donazioni o depositi di collezionisti privati o enti. Tra queste si segnalano tre bassorilievi marmorei con Cristo nel sepolcro, San Francesco e Santa Chiara del XV secolo, e dipinti di Legnanino, Mosè Bianchi e Pompeo Mariani. In deposito dalla Pinacoteca di Brera vi sono due dipinti di Agostino Ridolfi.