La sezione di "Arredo liturgico" si può considerare in un certo senso la cartina tornasole della raffinatezza, della varietà culturale e stilistico formale delle collezioni del Museo Diocesano, ma anche dell'arte lombarda dal VI al XX secolo.
L'oreficeria e l'arte plastica lombarde, particolarmente quelle della Diocesi di Milano, si sono da sempre distinte per l'alta qualità dei loro prodotti: a partire dall'epoca dei Visconti le botteghe di Milano si configurano infatti come polo di riferimento internazionale. A questo proposito è testimonianza della grande tradizione ricamatoria di Milano tra il XV e il XVI secolo la bella coperta di messale assegnabile ai Delfinoni, su probabile disegno del pittore Aurelio Luini, proveniente dal santuario milanese di Santa Maria presso San Celso. Di notevole importanza sono anche le tre Capselle (databili all'XI secolo) provenienti da Civate, la brocca e il bacile di Wenzel Jamnitzer, e numerosi reliquiari, ostensori e calici tra cui alcuni realizzati da orafi di spicco come l'Arbuschi o il Bellezza. All'esposizione dei materiali sacri provenienti dal territorio diocesano, spesso veri capolavori ideati per funzioni liturgiche, è destinata la vasta e suggestiva zona ipogea del terzo lato del chiostro. Il criterio espositivo è quello della rotazione dettato dall'acquisizione continua di nuovi esemplari.