Il Museo Diocesano si può raggiungere:
- Da Piazza Duomo: MM1 - MM3, con il tram 3
- Con i tram 9, 29, 30 che portano in Piazza XXIV Maggio
- Da Sant'Ambrogio MM2 con l'autobus 94, scendere all'ultima fermata di Via De Amicis

Altri accessi attraversando il Parco delle Basiliche:
- Via Molino delle Armi
- Via Banfi
- Piazza Sant'Eustorgio, Via Santa Croce

Parcheggi in prossimità del Museo:
- Via Conca del Naviglio e dintorni
- Piazza Quasimodo
- Via Calatafimi e dintorni